Ngày 30.4.1965, Giáo hoàng Paulus VI công bố thông điệp Mense Maico, kêu gọi giáo dân chạy đến cùng Maria, Nữ vương Hòa Bình, tha thiết xin Mẹ ban hòa bình thế giới.

Ngày 3.9, Ông ban bố thông điệp Mysterium Fidei (Mầu nhiệm đức tin) về giáo lý và sự phụng tự Thánh Thể. Vì sợ nhìn thấy thánh lễ riêng bị giảm giá trị, tín điều về sự biến đổi bản thể bị giảm nhẹ và sự phụng tự Thánh Thể ngoài thánh lễ bị đánh giá thấp, nên Giáo hoàng nhấn mạnh đến tầm quan trọng của mầu nhiệm Thánh Thể, và đối diện với các lý thuyết về sự chuyển đổi mục đích và về sự chuyển đổi ý nghĩa, ông nhắc lại giáo lý truyền thống.

Vấn đề ân xá

Trong thông điệp thứ tư năm 1966, ông thúc giục mọi người Công giáo lần chuỗi mân khôi cầu nguyện cho hòa bình. Thông qua tự sắc Summi Dei Beneficio, ngày 3.5.1966 ông đã kéo dài năm toàn xá 1966 đến lễ Đức Mẹ Vô Nhiễm Nguyên Tội. Ngày 19.2, ông tiếp kiến tiễn sĩ Rouhani, đệ nhất giáo chủ Hồi giáo, ngày 23.3 tiến sĩ Michael Ramsey, tổng Giám mục Canterbury, giáo chủ Anh giáo.

Ngày 1.1.1967, Giáo hoàng Phaolô VI ban hành Tông hiến Indulgentiarum Doctrina: Tông hiến của xét lại bản tường trình về giáo lý các ân xá và các qui phạm áp dụng thực tiễn các ân xá. Bản văn định nghĩa ân xá như "sự tha thứ trước mặt Thiên Chúa, hình phạt tạm do các tội lỗi mà sự lỗi phạm đã được xóa, sự tha thứ mà người tín hữu thật tình có thiện ý nhận được ở vài điều kiện đã được ấn định, nhờ hành động của Giáo hội, với tư cách là người phân phát ơn cứu chuộc, dùng quyền của mình mà phân phối và áp dụng kho tàng những sự đền bù tội lỗi của Đức Kitô và của các thánh".

Vì những sự lạm dụng của quá khứ và những rủi ro mê tín dị đoan hiện tại, Giáo hoàng đã thiết lập một biện pháp mới đối với tiểu xá, còn liên quan đến các hành vi và thái độ của hối nhân hơn nữa. Ông thu hẹp các ơn đại xá một cách thích đáng, ban nhiều tính đơn giản và phẩm cách hơn cho các ân xá kết liền với những sự vật hoặc các nơi chốn.

Thông điệp Polorum Progressio

Polorum Progressio Ngày 26.3.1967, Ông ban bố Thông điệp Polorum Progressio về sự phát triển kinh tế và văn hóa của các dân tộc. Thông điệp nêu nổi bật ý tưởng "vấn đề xã hội hôm nay mang tính toàn cầu" và "sự phát triển là tên gọi mới của hòa bình".

Trong đó Giáo hoàng kêu gọi các Kitô hữu và tất cả mọi "người thiện chí" tự cùng nhau nỗ lực cho hòa bình, cho sự phát triển toàn bộ của con người và cho sự thiết lập một uý quyền hữu hiệu trên toàn thế giới.Trong đó, ông cũng xác định vấn đề xã hội phải là vấn đề chung của thế giới; việc phát triển cho đúng phải có tính toàn diện từ kinh tế, văn hóa đến đời sống thiêng liêng; cần có những Tổ chức quốc tế để bảo vệ các nước yếu và nghèo chống lại sự cạnh tranh bất chính. Thông điệp được khai triển kỹ hơn tại các hội đồng Giám mục miền và Thượng Hội đồng 1971.

Độc thân linh mục

Ngày 18.6 qua tự sắc Sacrum Diaconanus Ordinem, ông tái lập chức phó tế vĩnh viễn, trong đó không thể nhận những người đã lập gia đình.

Ngày 24 tháng 6 năm 1967, Ông tiếp tục ban bố Thông điệp Sacerdotalis Coelibatus về sự độc thân linh mục. Tư liệu này kiểm lại kỹ càng những ý kiến bác bỏ sự độc thân thánh và tái khẳng định giá trị của nó được đặt nền tảng trên Kitô học, Giáo hội học và cánh chung học. Ông định vị sự độc thân của linh mục trong đời sống của Giáo hội và trong tương quan với các giá trị nhân loại và chỉ ra những con đường mà sự độc thân này có thể được sống trọn vẹn.

Thông điệp sự sống con người

Tháng 7-1968, Phaolô VI ban bố Thông điệp Humanae Vitae "Sự Sống Con người" trong đó bác bỏ mọi cách ngừa thai trái tự nhiên, không được mọi tín hữu hưởng ứng như xưa. Đồng thời ông cũng kêu gọi vợ chồng Công giáo điều hòa sinh sản theo phương cách tự nhiên, tái xác nhận giáo huấn truyền thống của Giáo hội Công giáo. Văn kiện xuất hiện như một văn kiện có thẩm quyền Giáo hoàng, đi ngược với tinh thần "công đồng". Thực ra, văn kiện đã được chuẩn bị từ năm 1965, thời gian mà Phaolô VI đã đình chỉ một số đoạn của hiến chế Gaudium et spes (Tin mừng và Hy vọng). Ngoài ra Giáo hoàng ước muốn xác nhận giáo huấn của Casti connubii mà Pius XI công bố ngày 31 tháng 12 năm 1930.

Trong Humanae Vitae, Paul VI nhắc lại rằng giáo lý của giáo hội công giáo xây dựng trên dây hôn phối bất khả phân ly mà Thiên chúa đã muốn và con người không thể cắt đứt theo ý kiến của mình, giữa hai ý nghĩa của hành vi vợ chồng: kết hợp và sinh đẻ" (HV, 12). Từ giáo lý này xuất phát những điều cấm sau đây:

"Trường hợp với những điểm cơ bản này của quan niệm con người và Kitô giáo về hôn nhân, ta phải tuyên bố một lần nữa rằng tuyệt đối phải loại trừ như là phương tiện hợp pháp của sự điều hòa sinh đẻ, sự trực tiếp làm đứt đoạn quá trình sinh sản đã được bắt đầu, và nhất là sự phá thai cố ý và được gây ra một cách trực tiếp ngay cả vì những lý do điều trị. Cũng phải loại ra như vậy như Huấn quyền của giáo hội đã nhiều lần tuyên bố, sự triệt sản trực tiếp, cho dù là vĩnh viễn hoặc tạm thời nơi người đàn ông cũng như người đàn bà. Cũng vì loại bỏ mọi hành động hoặc trong dự kiến hành vi vợ chồng hoặc trong tiến trình của bó được đề ra như là mục đích hoặc phương tiện làm cho việc sinh đẻ trở nên không thể được".

Thông điệp xuất hiện như một sự phủ nhận sự ngừa thai. Ngay cả các nghị phụ công đồng cũng bị lung lay. Hồng y Alfrink tổng Giám mục của Utrecht tuyên bố rằng "các thông điệp không bao giờ là bất khả ngộ", nhà thần học Hans Kung về phần mình đặt lại nguyên lý của sự bất khả ngộ. Tại Pháp, tạp chí Témoignage chrétien cho in một bức thư ngỏ có tựa đề: "Nếu đức Kytô thấy điều đó" tách riêng Giáo hoàng với giáo hội – dân thiên chúa.

Năm 1969, ngoài một số văn kiện nhằm kiến tạo Hòa bình và canh tân giáo hội như các sứ điệp: "Ngày thế giới hòa bình", "Truyền thông xã hội với gia đình", Tông huấn "kinh mân côi Hòa bình" và nhất là việc công bố sách lễ Roma mới đã được canh tân theo chỉ thị của công đồng Vatican II.

Năm 1971, Phaolô VI ban bố Thông điệp "Phát triển các Dân tộc" đấu tranh cho quyền lợi các nước nghèo.